明朝末年倭寇入侵，围棋界也遭受了前所未有的撼动和打击，代表着正义的围棋精神和代表邪恶的围棋精神激烈交锋。江流儿被父亲寄养在凌云寺，在那里，江流儿展现出了杰出的围棋天赋，受到了老和尚圆德的赏识。江流儿的父亲江灵运身为朝廷官员，在调查妖刀王通寇一案时发现了其中的蹊跷，随后被暗杀，江流儿成为了孤儿。在圆德和尚的鼓励之下，江流儿正式走入了围棋界，决心参加界内最权威的比赛——围棋国手大赛。单纯善良的江流儿不谙世事，遭到了西金棋院的利用，他就像棋坛中的一颗炸弹，散发出了无穷的破坏力。

《围棋少年》是一部传奇剧情动画片，里面包涵侠、俗、情叙事元素。人物个性鲜明，着墨在中国人的侠者风范，张扬棋手的一种精神，也可以说是围棋精神。该剧采用评书式的叙事风格，再用叙事者的身份加以旁白贯穿全剧，使故事即清晰通俗又具有文学分量，给人新颖的感觉。每一集的结尾都会给观众设计一个戏扣-----且听下回分解。